Тачно време настанка Манастира није сасвим познато. Према историјским подацима Манастир потиче из Средњег века, а народно предање његово оснивање везује за краља Драгутина који је од 1282. до 1316. године управљао овим крајевима као Сремски краљ. У доба дугог и тешког турског ропства Манастир је често рушен и паљен, и опет обнављан. Духовници Манастира били су истакнути народни вођи и њихова активност је сметала како Турцима тако и свим каснијим непријатељима Православља и Српства. У XVIII веку Манастир игра значајну улогу у животу Ваљевске нахије. У време Карађорђевог устанка 1804. године кнез Алекса Ненадовић и војвода Илија Бирчанин (чији се гроб до данас налази у порти манастирске цркве) беху међу првима посечени од дахија, а заједно са њима и архимандрит Рафаило, познатији у народу као Хаџи – Рувим, који пострада мученички за веру Христову. Mанастирски конаци су служили као војна болница све до пада Карађорђеве Србије. У XIX веку у Ћелијама се оснива Основна школа, међу првима у Србији под Милошем Обреновићем. У овој школи је Св. Владика Николај Велимировић “први буквар учио”, и Ћелије целог живота у срцу носио као “прву љубав” према Богу и роду. Манастир Ћелије је 1837. године претворен у парохијску цркву, што је остао до 1928, када су одлуком Светог Архијерејског Сабора претворен у женски манастир.
Храм св. архангела Михаила и Гаврила
Манастирска црква лежи на једном узвишењу које се диже са дна котлине. Надморска висина темеља цркве је 261 метар. Посвећена је Светим Архангелима Михајлу и Гаврилу. Првобитну цркву сачињавао је олтар са горњом папертом, док је паперта дозидана 1811. године. Садашња црква има облик лађе попут древне базилике. Дужина лађе је 18 метара, ширина 7, а висина крова цркве је 11 метара. Кубе је деветострано у част светих девет Анђелских чинова, јер је манастир посвећен светим Анђелима и Арханђелима, а дозидано је 1936. године.
Порта старе цркве ограђена је једноставном оградом, која је продужена и према манастирском конаку и новој цркви-капели. У порти се налази звоник и неколико старијих гробова, међу којима се налази и гроб Војводе Илије Бирчанина на северној страни од олтара, а на јужној страни олтара налази се гроб преподобног Оца Јустина Ћелијског.
Ћелије данас
Од 1946. године до данас Ћелије су женски манастир. Под управом способне и мудре игуманије Гликерије Јањић од 1962. године Манастир доживљава прави економски и духовни процват. Подигнута је дивна зграда конака у српско – византијском стилу, са капелом посвећеном Св. Јовану Златоусту; и исто таква народна трпезарија, као и многе друге потребите просторије и конаци; а круна свега је реновирање манастирске цркве са новоподигнутим звоником, и оснивање Духовне библиотеке “Отац Јустин” у Ваљеву.
Духовни напредак Манастира огледа се и у бројном монаштву. Монахиње које поред основног монашког завета да се спасе своја душа, личним примером и општим трудољубљем врше својеврсну мисију спасења многих верних душа. Из Ћелијске обитељи поникло је још 10 женских манастира – зато је с разлогом назван “расадником” монаштва.
Не занемарујући Божју заповест да се чине дела милосрђа свима који су у невољи, састрадавајући са својим народом, монахиње Манастира у страшно ратно време од 1993. до 1999. године, помогоше многим избеглицама, као и породицама пострадалих, рањеницима и свима ратом унесрећеним, пружањем несебичне материјалне помоћи, духовне утехе уливањем вере и наде у помоћ Божју тамо где су људи затајили.
Сваке године, од 1996. на реци Градац, по угледу на крштење Господа Христа у Јордану, Манастир организује саборно крштење, уз присуство већег броја духовника и свештеника, где се крштава на стотине душа од 7 (месеци) до 77 (година).
