Тачно време настанка Манастира није сасвим познато. Према историјским подацима Манастир потиче из Средњег века, а народно предање његово оснивање везује за краља Драгутина који је од 1282. до 1316. године управљао овим крајевима као Сремски краљ. У доба дугог и тешког турског ропства Манастир је често рушен и паљен, и опет обнављан. Духовници Манастира били су истакнути народни вођи и њихова активност је сметала како Турцима тако и свим каснијим непријатељима Православља и Српства. У XVIII веку Манастир игра значајну улогу у животу Ваљевске нахије. У време Карађорђевог устанка 1804. године кнез Алекса Ненадовић и војвода Илија Бирчанин (чији се гроб до данас налази у порти манастирске цркве) беху међу првима посечени од дахија, а заједно са њима и архимандрит Рафаило, познатији у народу као Хаџи – Рувим, који пострада мученички за веру Христову. Mанастирски конаци су служили као војна болница све до пада Карађорђеве Србије. У XIX веку у Ћелијама се оснива Основна школа, међу првима у Србији под Милошем Обреновићем. У овој школи је Св. Владика Николај Велимировић “први буквар учио”, и Ћелије целог живота у срцу носио као “прву љубав” према Богу и роду. Манастир Ћелије је 1837. године претворен у парохијску цркву, што је остао до 1928, када су одлуком Светог Архијерејског Сабора претворен у женски манастир.